Вторая часть игры про то, как отлично быть владельцем сверхспособностей. Герой предшествующей части Алекс Мерсер превратится в сиквеле в основного злодея. Собственно по его вине семья новоиспеченного героя—Джеймса Хеллена погибла. Джеймс решает бить противника его же оружием: он вводит себе инъекцию Blacklight вируса, для того чтобы обрести редкостные возможности своего главного врага.